Смята се, че Кремиковския манастир е основан още по време на царуването на Иван Александър (1331 - 1371), но сигурни сведения за съществуването му има от края на 15в. През 1382г., когато османските нашественици завладяват София, манастирът е напълно разрушен. Първото конкретно сведение за Кремиковския манастир датира от 1493 година, когато по времето на софийския митрополит Калевит, местния велможа Радивой възобновил порутената църква "Св. Георги" и я изписал в памет на децата си Тодор и Драгана, които са починали вероятно по време на голямата чумна епидемия от 1492г. През 1503г. при земетресение покривът на храма е разрушен и е направен нов, а с друг ктиторски надпис от 1611г. се съобщава за ново обновяване на църквата.

По време на османското робство Кремиковския манастир е важен книжовен и културен център за населението от Софийско и там са се преписвали много богослужебни книги. След мъченическата смърт на св. Георги Софийски част от мощите му били пренесени в манастира.

Както повечето български манастири и Кремиковския манастир е служил за убежище на четници през епохата на османското владичество. Тук се е укривал няколко дни вторият знаменосец на Ботевата чета – Димитьр Стефанов – Казака.

След Освобождението в Кремиковския манастир манастира се заселват двадесетина монахини бежанки от Малешевско, които допринасят за оживлението и популярността на манастира. През 1897г. Иван Вазов посещава манастира и пише един прекрасен пътепис за него. През 1901г. започва изграждането на нова голяма църква "Покров на Пресвета Богородица", която е завършена през 1907г. По това време до западната стена на магерницата е построена сграда за игуменките. Другите жилищни сгради са строени през тридесетте години на 20 век.

От 50-те години на 20в. Кремиковският манастир е женски, като до тогава в манастира живеят 32 монахини, занимаващи се със отглеждане на животни и земеделие. След това в сградите на манастира били настанени военни, а монахините били изпратени по други манастири. Осемнайсет години военните били тук. Замазани са с вар много от стенописите, част от сградите са унищожени от пожар, от библиотеката няма и следа. През 60-те години на 20в., военните си отиват и в манастира се връщат част от монахините. Една от тях била Иустина, която почти 60 години живеела и се грижила за манастира.

В наши дни Кремиковският манастир е събуден за нов живот и реставрацията на стенописите в малката църква са започнали през 1980г. и с малки прекъсвания продължават до 2003 година.На мястото на старата изгоряла магерница е построена нова с течаща вода и голямо зидано огнище. През 1994г. пред манастира е изградена чешма, а в двора му са монтирани дървени маси и пейки. Изработена е стабилна дървена врата, измазани са стените на старата сграда за монахините и на основната голяма сграда. От 25 години за делата на манастира се грижи сестра Хеония. Двете църкви се поддържат много добре, а през лятото целият двор е потънал в цветя и зеленина.